Institut for Flerpartisamarbejde ledes af en bestyrelse, der træffer afgørelse i alle væsentlige spørgsmål om instituttets faglige arbejdsområde, økonomi og forvaltning.
Stk. 2 Bestyrelsen består af 15 medlemmer, der beskikkes af udviklingsministeren. 1 medlem udpeges af udviklingsministeren, 9 medlemmer udpeges af Folketinget, 2 medlemmer udpeges af Dansk Ungdoms Fællesråd, 1 medlem udpeges af Rektorkollegiet, 1 medlem udpeges af NGO-forum, og 1 medlem udpeges af Dansk Center for Internationale Studier og Menneskerettigheder.
Stk. 3 Bestyrelsens medlemmer beskikkes for 4 år ad gangen. Genbeskikkelse kan ske. Genbeskikkelse ud over to perioder kan dog tidligst ske 4 år efter udløbet af den seneste beskikkelsesperiode.