Metroselskabet I/S ledes af en bestyrelse på 9 medlemmer.
Stk. 2 Københavns Kommune udpeger 3 bestyrelsesmedlemmer. Frederiksberg Kommune udpeger 1 bestyrelsesmedlem samt 1 suppleant til bestyrelsen. Transportministeren udpeger 3 bestyrelsesmedlemmer. Medarbejderne i Metroselskabet I/S vælger 2 bestyrelsesmedlemmer.
Stk. 3 Udpegningen af formand og to næstformænd sker efter enig beslutning mellem de tre ejere blandt de af ejerne udpegede bestyrelsesmedlemmer.
Stk. 4 Formanden og næstformændene for bestyrelsen må ikke udføre hverv for selskabet, der ikke er en naturlig del af hvervet som bestyrelsesformand og næstformand, bortset fra enkeltstående opgaver, som den pågældende bliver anmodet om at udføre for bestyrelsen.
Stk. 5 Bestyrelsesmedlemmer udpeges for en periode på 4 år. Genudpegning kan ske. Et bestyrelsesmedlem kan til enhver tid afsættes af den ejer, som har udpeget den pågældende.