Apotekerne betaler en sektorafgift på 1,215 pct. af omsætningen i henhold til § 50 i lov om apoteksvirksomhed. Det enkelte apotek indbetaler hver måned til Lægemiddelstyrelsen 1,215 pct. af den omsætning, apoteket har haft i den forgange måned.
Stk. 2 Lægemiddelstyrelsen meddeler snarest muligt efter årets udgang apotekerne en foreløbig opgørelse af afgiften for det forgangne år. Afgiften fastsættes således, at den dækker det forgangne års udbetalinger af tilskud og godtgørelser m.v. Overstiger de samlede indbetalte afgifter de samlede udbetalte tilskud og godtgørelser m.v., tilbagebetales differencen til de enkelte apoteker i forhold til det, de har indbetalt.