Den omsætning, der danner grundlag for beregningen af sektorafgiften og tillægssektorafgiften opgøres i henhold til § 50 b i lov om apoteksvirksomhed som apotekets omsætning eksklusive apotekets omsætning af lægemidler beregnet til produktionsdyr, rabatudgifter, herunder betalinger til bestyrere af håndkøbsudsalg og medicin udleveringssteder, og tab på udestående fordringer opgjort eksklusive moms.
Stk. 2 For apoteker, der i medfør af § 12, stk. 3, i lov om apoteksvirksomhed er godkendt til etablering af pakkefunktion med henblik på samhandel med dosisdispenserede lægemidler til andre apoteker, medregnes omsætningen af lægemidler ved en sådan samhandel ikke ved opgørelsen af omsætningen efter stk. 1. Dog medregnes det gebyr (dosispakningsgebyr), som apotekere med pakkefunktion modtager herfor i opgørelsen af omsætningen efter stk. 1.
Stk. 3 For apoteker, der forhandler dosisdispenserede lægemidler til forbrugerne, jf. § 11, stk. 1, nr. 11, i lov om apoteksvirksomhed medregnes omsætningen af dosisdispenserede lægemidler og det gebyr (dosisekspeditionsgebyr), som apoteker modtager ved udlevering af dosisdispenserede lægemidler, i opgørelsen af omsætningen efter stk. 1, jf. § 50 b, stk. 3, i lov om apoteksvirksomhed.
Stk. 4 For apotekere, der er meddelt bevilling til at drive flere apoteker, beregnes afgifterne på grundlag af den samlede omsætning efter stk. 1-3 for alle apoteker, som apotekeren har bevilling til, jf. § 50 b, stk. 4, i lov om apoteksvirksomhed.