De omfattede institutioner kan klage over afgørelser truffet af tilskudsyder efter § 2, stk. 1 eller 4, efter samme regler, som gælder for klager over selve afgørelsen om driftstilskud.
Stk. 2 Statens Administrations afgørelser om udbetaling af refusion og om dispensation fra indberetningsfristerne kan indbringes for Finansministeriets departement. Klagen skal være modtaget af Statens Administration senest 4 uger efter, at afgørelsen er meddelt institutionen. Statens Administration videresender herefter, medmindre styrelsen giver klageren medhold, klagen til Finansministeriets departement med styrelsens udtalelse i sagen.