Institutionen er omfattet af lov om statens regnskabsvæsen m.v., bekendtgørelse om statens regnskabsvæsen mv. og Finansministeriets Økonomisk Administrative Vejledning.
Stk. 2 Institutionen fører regnskab efter Uddannelses- og Forskningsstyrelsens konterings- og fordelingsvejledning, der fastsætter en fælles kontoplan for uddannelsesinstitutionerne under Uddannelses- og Forskningsministeriets område. Konterings- og fordelingsvejledningen offentliggøres af Uddannelses- og Forskningsstyrelsen senest den 1. oktober i året inden regnskabsåret.
Stk. 3 Institutionen opstiller og aflægger årsrapport, inklusiv målrapportering, efter den årsrapportskabelon, som Uddannelses- og Forskningsstyrelsen har fastsat.