Fonden ledes af en bestyrelse (nationalparkbestyrelsen), der udpeges af miljøministeren.
Stk. 2 Bestyrelsen skal bestå af en formand og 6-12 medlemmer udpeget efter indstilling fra berørte organisationer, kommuner og staten. Når nationalparkrådet er nedsat, tiltrædes bestyrelsen af 1 eller 2 medlemmer udpeget af miljøministeren efter indstilling fra nationalparkrådet.
Stk. 3 Bestyrelsen udpeges for 4 år. Genudpegning kan ske én gang. Hvis formanden eller et medlem afgår i utide, udpeges afløseren for resten af perioden.
Stk. 4 Bestyrelsen fastsætter med bistand fra miljøministeren en forretningsorden for fonden.