Naviair ledes af en bestyrelse på 6-9 medlemmer. Transportministeren vælger på et virksomhedsmøde, jf. § 5, stk. 3, for en periode på op til 2 år 4-6 medlemmer til bestyrelsen, herunder formand og næstformand. Genvalg kan ske. Transportministeren kan til enhver tid på et virksomhedsmøde afsætte de af ministeren valgte medlemmer.
Stk. 2 Medarbejderne vælger repræsentanter til bestyrelsen. Reglerne i selskabsloven om valg af medarbejderrepræsentanter og suppleanter for disse, herunder regler om koncernrepræsentation og valgbarhed, finder tilsvarende anvendelse, jf. dog § 14, stk. 2.