Såfremt Skatteforvaltningen imødekommer en ansøgning om godtgørelse af afgift, udbetales godtgørelsen senest 10 arbejdsdage efter udløbet af den pågældende frist i § 35.
Stk. 2 Udbetaling af godtgørelse kan efter virksomhedens ansøgning enten finde sted her i landet eller i ethvert af de øvrige EU-lande. I sidstnævnte tilfælde påhviler omkostningerne derved virksomheden.
Stk. 3 Såfremt Skatteforvaltningen ved ændring af pro rata-satsen ifølge en tidligere godtgørelsesansøgning kan konstatere, at en virksomhed har fået udbetalt for meget i godtgørelse, kan Skatteforvaltningen modregne krav på tilbagebetaling af den for meget udbetalte godtgørelse med udbetaling af godtgørelse ifølge anden godtgørelsesansøgning.
Stk. 4 Såfremt en virksomhed har fået udbetalt for meget i godtgørelse, og der ikke foreligger en godtgørelsesanmodning fra den pågældende virksomhed, som det for meget udbetalte beløb kan modregnes i, kan Skatteforvaltningen opkræve det for meget udbetalte beløb.