Loven træder i kraft dagen efter bekendtgørelsen i Lovtidende og har virkning fra og med indkomståret 2001.
Stk. 2 Rederier, som vil kunne vælge tonnageskatteordningen fra det tidspunkt, hvor loven har virkning, kan træffe valg om anvendelse af ordningen senest ved rettidig afgivelse af oplysninger til told- og skatteforvaltningen efter skattekontrollovens § 2 for det andet indkomstår, hvor ordningen vil kunne anvendes. Er tonnagebeskatning ikke valgt senest ved rettidig afgivelse af oplysninger til told- og skatteforvaltningen efter skattekontrollovens § 2 for det andet indkomstår, hvor ordningen vil kunne anvendes, regnes 10-års-perioden efter § 2, stk. 2, fra og med det indkomstår, hvor loven får virkning.